كودكي و جواني شيخ بهايي
یک سال بعد از تولد او در بعلبک، خانوادهاش به جبل عامل رفتند اما پس از شهادت شهید ثانی و احساس عدم امنیت در این شهر و نیز به دعوت و تشویق شاه طهماسب اول و علی بن هلال کرکی معروف به شیخ علی مِنشار، شیخ الاسلام اصفهان، از جبل عامل مهاجرت کرده و به ایران آمدند و در اصفهان ساکن شدند. خانواده او از نخستین علمای شیعه در جبل عامل بودند که در پی استقرار حکومت شیعی صفوی، به ایران مهاجرت کردند.
بنابر نسخهای به خط شیخ بهائی که در ۹۶۹ق در قزوین نوشته شده، او هنگام ورود به ایران ۱۳ ساله بود، اما بعضی منابع به اشتباه او را در این زمان ۷ ساله دانستهاند.
بعد از ۳ سال اقامت در اصفهان، شاه طهماسب اول به توصیه و تأکید شیخ علی منشار، عزّالدین حسین را به قزوین دعوت کرد و منصب شیخ الاسلامی این شهر را به او اعطا نمود و شیخ بهائی همراه پدرش به قزوین رفت و برای مدتی در آنجا اقامت کرد و به تحصیل علوم مختلف پرداخت.
به نوشته خود شیخ بهائی ، وی در سال ۹۷۱ق همراه با پدرش در مشهد بوده است. بعدها پدرش برای مدتی شیخ الاسلام هرات شد، اما وی در قزوین ماند و در ۹۷۹ق و ۹۸۱ق اشعاری در اشتیاق به دیدار پدر و شهر هرات برای او فرستاد. در سال ۹۸۳ق نیز که پدرش به قزوین آمد و برای سفر حج از شاه اجازه خواست، شاه به خود او اجازه داد اما از همراهی بهاءالدین عاملی با پدر ممانعت و او را به ماندن در قزوین و تدریس علوم مکلف کرد.