روز 18 رجب 1399، خانه آيت الله صدر و کوچه هاي اطراف آن از اول صبح تا پاسي از شب، مملو از جمعيتي بود که ديروز براي آزادي رهبرشان دست به تظاهرات اعتراض آميز زده بودند و امروز آمده بودند تا بار ديگر با او بيعت کنند.
رژيم صدام از تجديد پيمان امت مسلمان عراق با مرجع و رهبرشان، سخت به وحشت افتاد و براي قطع رابطه مردم با آيت الله صدر، نيروي امنيتي را در سر کوچه آيت الله صدر و کوچه هاي اطراف، مستقر کردند. بدين گونه محاصره خانه آيت الله صدر آغاز شد.
در مدت نه ماه محاصره، رژيم با فرستادن مأموران و مزدوران خود به نزد آيت الله صدر، سعي کرد او را از راهي که در پيش گرفته، منصرف کند، ولي آيت الله صدر ثابت و استوار ايستاد و همچنان از انقلاب اسلامي ايران و امام و مردم انقلابي ايران حمايت کرد و هرگز به خواسته هاي رژيم صدام، گردن ننهاد. تا اينکه در بعد از ظهر گرم و سوزان روز شنبه 19 جمادي الاول 1400 (16 فروردين 1359)، « ابو سعيد» رئيس سازمان امنيت نجف، با عده اي از مزدوران امنيتي، آيت الله صدر را دستگير و به سرعت از نجف به بغداد منتقل کرد. آيت الله صدر اين بار مي دانست که ديگر بر نخواهد گشت، چون وقتي ابوسعيد جنايتکار گفت: «آماده باشيد به بغداد برويم!» به آرامي گفت:
_ «من خيلي وقت است که آماده شهادتم!»
فرداي آن روز، حکومت بغداد، اقدام به دستگيري بنت الهدي کرد چون بيم داشت مبادا بنت الهدي بار ديگر مردم را به اعتراض و تظاهرات دعوت کند و رژيم را رسوا نمايد!
برزان ابراهيم، برادر ناتني صدام و رئيس سازمان امنيت کشور، در زندان از آيت الله صدر خواست که فقط چند کلمه بر ضد امام خميني و انقلاب اسلامي بنويسد، تا آزاد شود، و گرنه کشته خواهد شد! آيت الله صدر اين خواسته را رد کرد و گفت:
«من آماده شهادتم، هرگز خواسته هاي غير انساني و ضد ديني شما را قبول نخواهم کرد و راه من همان است که انتخاب کردم!….» وقتي که مزدوران بعثي، از منصرف کردن آيت الله صدر و خواهرش مأيوس شدند، آن دو علوي پاک نژاد مظلوم را در روز سه شنبه 23 جمادي الاول 1400 (19 فروردين 1359) زير شکنجه به شهادت رساندند. جنازه آن دو شهيد در جوار مرقد امام علي (ع)، در آرامگاه خانوادگي «شرف الدين» به خاک سپرده شد.
امام خميني، در پيامي که به مناسبت شهادت مظلومانه آن دو شهيد داد، سوگمندانه نوشت:
«…… مرحوم آيت الله شهيد سيد محمد باقر صدر و همشيره مکرمه مظلومه او که معلمين دانش و اخلاق و مفاخر علم و ادب بود، به دست رژيم منحط بعث عراق با وضع دلخراشي به درجه رفيعه شهادت رسيده اند. شهادت ارثي است که امثال اين شخصيتهاي عزيز از مواليان خود برده اند…..»